Во Законот за јавна внатрешна финансиска контрола е определен начинот на дизајнирање, воспоставување и функционирање на интерните контроли. Со извршениот увид во презентираната сметководствена и друга документација, донесените интерни акти поврзани со процесот на безготовинското и готовинското плаќање,утврдeни се следните состојби кај: Процес на безготовинско плаќање:
Во Агенцијата изработени се 29 процедури кои го уредуваат начинот на спроведување на надлежностите на вработените во секторите и независните одделенија согласно Правилниците за организација и систематизација од 2014 година. Од нив 26 процедури се изработени со носител на набавка на консултански услуги за имплементација на стандардот ISO 9001:2008.
Процес на наплата на приходите од катастарски услуги. Со цел обезбедување навремени и квалитетни услуги за корисниците, Агенцијата има донесено процедури/постапки за извршување на работните активности во процесот на наплата на приходите од катастарски услуги. Во овие процедури не се утврдени контролни механизми од страна на раководителот на Центар за катастар на недвижности Скопје/одделението за катастар на недвижности во делот на решавањето на предметите, односно референтите сами одлучуваат и се одговорни по постапување на предметот.
